Pitanje izbora metode za određivanje transfernih cijena i odgovarajuća dokumentacija kojom se potvrđuje primijenjena metoda ili metode sigurno je najvažnije i najsloženije u području transfernih cijena. Primjenom jedne ili više metoda, transakcije promatranog društva svode se, prema načelu nepristrane transakcije, na transakcije kakve bi ostvarili neovisni poduzetnici u tržišnim uvjetima. Određivanje transfernih cijena i sve vezano s tim je, zapravo, proces u kojem se permanentno prati primjena postojećih propisa i preporuka, te se predlažu izmjene i dopune istih sukladno pozitivnim iskustvima u primjeni.